【税理士監修級】不動産売却の税金はいつ支払う?支払いタイミングと確定申告の流れを徹底解説

query_builder 2026/09/07
不動産売却
【税理士監修級】不動産売却の税金はいつ支払う?支払いタイミングと確定申告の流れを徹底解説

「不動産を売却したけれど、税金はいつ・いくら支払えばいいの?」「売却代金を使ってしまった後に高額な税金請求が来たらどうしよう…」とお悩みではありませんか?
不動産を売却して利益(譲渡所得)が出た場合、税金は売却した当日ではなく「売却した翌年の確定申告期(2月〜3月)」や「翌年6月以降の住民税通知」のタイミングで支払うことになります。
税金の支払い時期を正しく把握しておかないと、納税資金が不足したり無申告加算税などのペナルティが発生するリスクがあります。
本記事では、不動産売却にかかる税金の種類と支払うタイミング、税金の計算式、3,000万円特別控除を活用した節税手順、必要書類のチェックリストまでわかりやすく徹底解説します。
いわき市で100件以上の売却実績を持つ『千信不動産売却相談窓口』の知見をもとに、安心して手続きを進めるためのノウハウをお伝えします。

不動産売却でかかる税金とは?支払うスケジュール一覧

不動産売却によって売買益(譲渡所得)が生じた場合、主に「譲渡所得税(所得税・復興特別所得税)」「住民税」の2種類の税金が課税されます。
それぞれの納付時期と支払い方法は以下の通りです。

税金の種類 支払い時期(タイミング) 支払い方法・納付手段
印紙税 売買契約の締結時 売買契約書に収入印紙を貼付して消印
登録免許税(抵当権抹消) 不動産の引き渡し(決済)時 売却決済時に司法書士へ報酬と合わせて支払う
譲渡所得税(所得税・復興税) 売却した「翌年」の2月16日〜3月15日 確定申告時に金融機関、クレジットカード、e-Tax等で納付(振替納税は4月中旬)
住民税 売却した「翌年」の6月以降 【普通徴収】年4回(6月・8月・10月・1月)で納付
【特別徴収】給与天引き(6月〜翌5月)

譲渡所得税について

譲渡所得税は、不動産を売却して得た利益に対して課される国税です。
税率は物件の所有期間(売却した年の1月1日時点)によって2つに区分されます。

  • 短期譲渡所得(所有期間5年以下):税率 39.63%(所得税30% + 住民税9% + 復興0.63%)
  • 長期譲渡所得(所有期間5年超):税率 20.315%(所得税15% + 住民税5% + 復興0.315%)

所有期間が5年を超えているかどうかで税率が約2倍異なるため、売却タイミングの判定には注意が必要です。

住民税とその支払い時期

譲渡所得に伴う住民税は、確定申告を行った情報をもとに各自治体(いわき市など)が計算し、売却した翌年の6月頃から納付が始まります。
会社員の場合は給与天引き(特別徴収)、自営業や退職された方は送付される納付書での支払い(普通徴収)となります。
確定申告で所得税を納めた後、数ヶ月遅れて住民税の請求が届くため、売却代金を使い切らずに納税用資金として手元に残しておくことが極めて重要です。

税金の計算方法と控除の活用

税金を正しく算出し、負担を大幅に抑えるための計算式と節税特例を整理しておきましょう。

不動産売却益(譲渡所得)の計算方法

課税対象となる譲渡所得は、売却価格そのままではなく、以下の計算式で導き出します。

【譲渡所得の計算式】
譲渡所得 = 売却価格 − ( 取得費 + 譲渡費用 )

  • 取得費:売却した不動産の購入代金、購入時の仲介手数料、登記費用、リフォーム費用など(※建物部分は減価償却費を控除)
  • 譲渡費用:今回の売却のために直接かかった費用(仲介手数料、印紙税、建物解体費、立ち退き料など)

3,000万円特別控除の活用法

マイホーム(居住用不動産)を売却した場合、一定の要件を満たせば譲渡所得から最高3,000万円まで控除できる「居住用財産の3,000万円特別控除」が適用できます。
この特例を活用すれば、売却益が3,000万円以下であれば譲渡所得税・住民税ともに税額ゼロとなります。
(※控除を適用して税額が0円になる場合でも、必ず翌年の確定申告手続きが必要となります)。

相談事例に学ぶ税金手続きと節税成功例

相談事例1:書類不備で申告が難航したケース

【購入時の契約書を紛失していたお客様の例】
3,000万円で実家を売却したものの、数十年前に購入した際の売買契約書が見つからず、取得費が不明な状態に。
取得費不明の場合は「売却価格の5%(概算取得費)」で計算されるため、税額が高額になりそうでしたが、千信不動産売却相談窓口のアドバイスのもと当時の通帳履歴や建築資料を収集。無事に税理士を通じて取得費を立証し、税負担を大幅に軽減できました。

相談事例2:3,000万円特別控除で税金がゼロになった成功例

【自宅売却で2,000万円の売却益が出たお客様の例】
売却益が2,000万円発生し高額な譲渡所得税を心配されていましたが、居住実態を証明する住民票や契約書類を整えて「3,000万円特別控除」を申請。翌年の確定申告を正しく行うことで、譲渡所得税・住民税ともに納付額0円で完了しました。

税金に関するよくある質問(Q&A)

Q1.不動産売却後、税金はいつ支払うのですか?

売却した翌年の2月16日〜3月15日の間に確定申告を行い、その場で所得税を納付します。続いて翌年6月以降に住民税の納付通知が届き支払いを行います。

Q2.売却して損失(赤字)が出た場合も税金や確定申告は必要ですか?

売却益が出ず赤字(譲渡損失)の場合は税金はかからず、確定申告の義務もありません。
ただし、「マイホーム買換え時の譲渡損失の損益通算及び繰越控除の特例」を利用すれば、他の給与所得などと相殺して給与天引きされた所得税の還付を受けられる場合があります。

不動産売却の税金トラブル事例と回避策

申告漏れが引き起こすトラブル(追徴課税・延滞税)

「税務署にバレないだろう」と確定申告を行わなかった場合、法務局の登記情報から税務署へ売却事実が通知されるため、後日ほぼ確実に「お尋ね」や税務調査が入ります。
申告漏れが発覚すると、本来の税金に加えて「無申告加算税(15%〜20%)」や「延滞税」が課され、多大な損害が発生します。

控除適用ミスによる逸失の回避策

「3,000万円特別控除」や「買い換え特例」などは、売却の前後の年に住宅ローン控除を重複して使えないなどの複雑な制約があります。自己判断で申請すると特例対象外となり損をする恐れがあるため、売却前に不動産会社や税理士へ相談することが重要です。

不動産売却における税金用語解説

譲渡所得と譲渡費用の意味

譲渡所得とは売却によって生じた「純利益」のことです。譲渡費用とは売却するために直接支出した費用のことで、仲介手数料、契約書の印紙税、売却に際して支払った解体工事費などが含まれます。

取得費の概念とその計算方法

取得費とは、売却した不動産を過去に購入した際にかかった総費用です。購入価格だけでなく、当時の仲介手数料、登録免許税、リフォーム費用も算入できます(建物の場合は所有期間に応じた減価償却費を差し引きます)。

売却後の税金申告に向けての準備チェックリスト

スムーズに確定申告を済ませるため、以下の必要書類を事前に保管・準備しておきましょう。

  • 【 】 売却時の売買契約書・重要事項説明書・領収書
  • 【 】 売却時の仲介手数料の領収書・各種経費の領収書
  • 【 】 過去に購入した当時の売買契約書・建築請負契約書・領収書
  • 【 】 リフォームや改修工事の契約書・領収書(ある場合)
  • 【 】 売却した不動産の登記事項証明書(登記簿謄本)
  • 【 】 譲渡前の住民票の除票(マイホーム特例を適用する場合)

まとめ: 安心して不動産売却を進めるために

不動産売却における税金は、「いつ・いくら支払うのか」のスケジュールを把握し、早期に確定申告の準備を進めることが成功の鍵です。
特に「売却した翌年の2月〜3月に所得税」「6月以降に住民税」が請求されるため、売却代金から納税資金をしっかり確保しておきましょう。
3,000万円特別控除などの特例を漏れなく活用し、損のない手取り額を残すためにも、実績ある地元の専門家へお気軽にご相談ください。


いわき市の不動産売却・税金のご相談なら「千信不動産売却相談窓口」にお任せください

いわき市を中心に、創業から5年で100件を超える不動産売却をお手伝いしてきた実績がございます。
「手取り額がいくら残るのか試算したい」「税金や確定申告の手続きが不安」「特例が使えるか教えてほしい」など、お客様のご事情や想いに寄り添い、前に進むための最適な選択肢をご提案いたします。

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